Seit 2007 werden Fachärzte für Kinderheilkunde im Schwerpunkt Kindergastroenterologie weitergebildet. Die Ausbildung schließt mit einer Prüfung bei der Landesärztekammer ab. Inhalt sind die Kindergastroenterologie, -hepatologie und Ernährung. Die in der Ausbildung befindlichen Kollegen sind in die Betreuung von Kindern und Jugendlichen aller Altersgruppen mit chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen, einer Zöliakie, Nahrungsmittelunverträglichkeiten, Bauchschmerzen in Abklärung, Obstipation und gastroösophagealer Refluxerkrankung, aber auch Dünndarminsuffizienz sowie den verschiedenen Erkrankungen von Bauchspeicheldrüse und Leber mit Gallenwegen involviert. 

Diagnostische und interventionelle Endoskopien und Leberbiopsien sowie die Durchführung von 24h-Impedanz-pH-Metrien werden gelehrt. In dem Zeitraum haben sechs Kollegen die Ausbildung erfolgreich abgeschlossen, einer befindet sich zur Zeit in Ausbildung.